Zerstörung in den letzten Kriegsstunden
Das Ende der Engel-Apotheke in der Mohrenstraße ist eng verbunden mit ihrer exponierten Lage nahe dem Regierungsviertel. In der Zeit vom 18. November bis zum 3. Dezember 1943 warfen britische Flugzeuge in fünf Großangriffen mehr als 8.600 Tonnen Spreng- und Brandbomben auf die Berliner Innenstadt. Die Dreifaltigkeitskirche und das Hotel Kaiserhof wurden praktisch zerstört. Die Apotheke, deren Schaufenster fast zugemauert waren und durch dicke Sandsteinmauern geschützt war, wurde aber trotzdem beschädigt.
Die Rote Armee erreichte am 21 April 1945 die Berliner Außenbezirke, und nach heftigen Straßenkämpfen vereinigten sich ihre Angriffsspitzen am 1. Mai im Tiergarten. Hitler und Goebbels hatten im Führerbunker Selbstmord begangen. Der Berliner Kampfkommandant Weidling hatte zum 2. Mai 1945, 5.00 Uhr, bedingungslos kapituliert. Trotzdem gingen an einigen Plätzen die erbitterten Kämpfe weiter, besonders im Regierungsviertel, dem Verteidigungsabschnitt "Zitadelle". An diesem Tag eroberten russische Soldaten der 301. Schützendivision die Reichskanzlei und den Führerbunker.
In diesen letzen Stunden des Kampfes um Berlin ereilte das Schicksal die Engel-Apotheke. Sie brannte total aus. Während der Löschversuche wurde Ernst Jost von russischen Soldaten verhaftet, in das Kriegsgefangenlager Friedrichsfelde und dann in ein Schulungslager in Fürstenwalde gebracht. Nach einigen Tagen beschlagnahmte der Bezirksbürgermeister die restlichen Kellervorräte der Apotheke und übergab sie der Apotheke zum weißen Adler in der südlichen Friedrichstraße zur Verwertung.